Když jsou všechna zrnka sklizená a vyčištěná od defektů a nekvalitních zrnek, dochází k dalšímu zpracování kávy různými metodami. Mezi nejčastější patří metody: Suchá (naturální), promytá, honey, anaerobní a následně široká škála experimentálních zpracování.
Vyselektovaná a zpracovaná zrnka jsou před cestou na burzu nebo přímému prodeji podrobena ještě třídění podle velikosti zrnek a určení kvality kávy. K tomuto třídění dochází jak pomocí strojů, tak ručně. Obecně se tradovalo, že čím větší zrnku, tím kvalitnější, vzhledem k stále novým odrůdám, které sami o sobě mají velká zrnka, jako například pacamara nebo elephante toto pravidlu, už ovšem není platné.
Když je třídění a zpracování kávy u konce, uloží se kávová zrnka do pytlů z juty (jelikož se jedná o pevný a poměrně levný materiál), nebo ještě před uložením do jutových pytlů jsou zrnka uložena do plastových vzduchotěsných pytlů, díky čemuž jsou odolnější vůči vlhkosti během skladování a transportu. Nejkvalitnější jsou kávová zrnka do jednoho roku po sklizni včetně zpracování v pražírně. Kvalitní kávu poznáte i podle toho, že vám pražírna odkryje, kdy byla káva sklizena.
Aby bylo možné z kávových zrnek upražit co nejlepší kávu, je důležité, aby se kávová zrnka co nejdříve a v co nejlepším stavu dostala často i přes polovinu světa ke své pražírně. Během této náročné cesty mohou být pytle s kávovými zrnky vystaveny nepříznivým vlivům jako je vlhkost nebo naopak přímé sluneční světlo. Pokud pražírna nakupuje kávová zrnku přes importéra, je tento proces prodloužen o další mezičlánek a tudíž hrozí více možných rizik. Proto se stále častěji pražírny vypravují za farmáři osobně, kde navazují dlouhodobé vztahy, nastavují pro farmáře lepší cenové podmínky a zároveň mají větší šanci dostat zrnka do své pražírny dříve a často i ve vyšší kvalitě.